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在全面预算管理中，管理会计系统的作用价值巨大
环境的变化、政府的监管、企业的价值创造，都对其管理提出了挑战。面对这些挑战，企业需要适应环境的变化，转变工作重点，运用有效的管理工具，从企业运营中提取数据，准确地判断企业经营状况走向，并且把这些走向、数据放到实时模型中进行运算和预测，即从过去的非系统性管理向系统性管理转变，而全面预算管理系统将有助于这一进程的提升。所以在全面预算管理中，提高预算的有效性，降低偏差率的管理会计系统的作用就凸显出来了。
在众多的企业管理方法中，全面预算管理被证明是一种很有效的方法，它对企业内部各部门、各单位的各种财务及非财务资源进行分配、考核、控制，以便有效地组织和协调企业的生产经营活动，完成既定经营目标的管理活动。全面预算从最初的计划、协调功能，发展到现今的一种兼具控制、激励、评价等功能的综合贯彻企业经营战略的管理机制，在企业内部控制中处于核心地位。
不可否认的是，在财务会计领域，无论是基于受托责任还是基于提供决策有用信息，我国的财务会计都有很大改观，但管理会计作为会计的分支，对企业的规划、决策、控制和评价等方面的作用未得到充分释放，在服务于企业价值创造和内部管理决策方面发展相对滞后。
管理会计的目标是通过运用管理会计工具方法，参与企业规划、决策、控制、评价活动并为之提供有用信息，推动企业实现战略规划。管理会计的知识体系涵盖了财务、管理、业务、市场等诸多方面内容，培养的是懂财务、会管理、懂业务的价值创造精英。
企业管理领域不同，适用的管理会计工具方法亦不尽相同。一般而言，企业管理可分为战略管理、预算管理、成本管理、营运管理、投融资管理、绩效管理、风险管理等七大领域，每一领域在实践中形成了各自适用的管理会计工具方法。
所以，在高度信息化的今天，整合现有管理会计系统的作用使它们充分发挥在全面预算管理中的效用，就将对全面企业预算管理产生深远影响，并可以为企业经营决策提供良好方向。